Kei Narutani dan teman masa kecilnya, Song Minghua, adalah pengungsi asal Tiongkok yang melarikan diri dari Zai, organisasi misterius yang tanpa pandang bulu meneror negara dan rakyatnya. Untungnya, dalam pelarian mereka ke Jepang, mereka diselamatkan oleh sebuah pesawat merah yang aneh.
Ketertarikan Kei pada pesawat ini menuntunnya untuk bertemu dengan penyelamatnya: seorang gadis yang merupakan seorang “Anima”-pilot dari jenis pesawat unik yang disebut “Putri.” Gadis itu bernama Gripen, pesawat tempur JAS-39F yang menggemaskan. Kei mengembangkan ikatan dengan Gripen dan kemudian direkrut oleh Pasukan Bela Diri Jepang untuk membantu Gripen mengatasi masalahnya dalam terbang.
Kemudian bergabung dengan Eagle, F-15J-ANM yang riang, dan Phantom, RF-4EJ-ANM yang gagah, skuadron ini mengangkat senjata, bertekad untuk melindungi umat manusia. Bersama-sama, kelima individu ini bertempur melawan Zai yang menyerang, membentuk garis pertahanan terakhir melawan kekuatan alien yang mengancam.
