Amu Hinamori dan Para Penjaga Sekolah Dasar Seiyo terus melanjutkan misi mereka untuk mencari dan membersihkan Telur X sambil mengejar Embryo yang sulit ditangkap—sebuah telur yang konon dapat mengabulkan segala keinginan. Namun, Para Penjaga harus mendapatkan Embryo sebelum jatuh ke tangan Korporasi Easter yang jahat. Sebagai bagian dari rencana mereka untuk memancing Embryo keluar, Easter mempekerjakan Lulu de Morcerf, seorang gadis yang dingin dan misterius, yang kalung rubinya memberinya kemampuan untuk mengubah Telur Hati menjadi Telur Misteri.
Telur Misteri yang aneh ini tidak dapat dibersihkan dengan mudah seperti Telur X, dan dapat memaksa pemiliknya untuk mengalami Transformasi Karakter. Dengan ancaman yang semakin besar, para Penjaga harus melacak sumbernya dan menghentikannya sebelum situasi menjadi tidak terkendali. Di hadapkan pada tekanan yang tak tertahankan dari dua tujuan baru ini, apakah para Penjaga mampu mengembalikan Embryo sambil juga menangani Telur Misteri?
