Pada tahun 2242, sisa-sisa umat manusia dipaksa untuk tinggal di kota-kota seperti gelembung yang tersebar di tanah yang hancur. Bersembunyi dari hujan beracun dan makhluk hidup yang dikenal sebagai Enders, mereka bertahan hidup berkat sumber energi baru dari kristal AO. Mereka yang bertugas mempertaruhkan nyawa untuk mengumpulkan kristal AO disebut drifter, mengemudikan tank bipedal serbaguna dengan dukungan android tempur bernama magus.
Saat menjelajahi reruntuhan terpencil dengan teman drifternya yang sangat berbakat, Tokio, calon drifter Kanata menemukan Noir, seorang magus yang tampaknya masih utuh dalam keadaan stasis. Meskipun dia bangun dengan sendirinya, Noir telah kehilangan ingatannya dan tidak membantu pekerjaan Kanata. Namun, di tengah serangan Enders, Kanata menemukan bahwa Noir memiliki kemampuan bertarung yang luar biasa. Pasangan ini sekarang memulai perjalanan untuk tidak hanya menjelaskan masa lalu Noir, tetapi juga untuk mengungkap lokasi Histoire-kota mitos yang menyimpan rahasia dunia yang selalu diimpikan oleh Kanata untuk dikunjungi.
