Setelah diyakini telah punah, ninja telah muncul kembali di Jepang kontemporer setelah Perang Pasifik. Dengan jumlah yang dikabarkan mencapai dua ratus ribu orang, para pembunuh bayaran yang mematikan ini sekarang ditugaskan untuk melakukan operasi rahasia, menyusup ke dalam sebagian besar institusi publik dan swasta di negara ini.
Di antara para ninja ini adalah Kurou Kumogakure, yang sering menghabiskan hari-harinya di sebuah apartemen kumuh tanpa motivasi untuk melakukan banyak hal. Beberapa orang mungkin menganggapnya sebagai gelandangan yang tidak berguna yang tidak melakukan apa pun selain mencuri bir dari tetangganya. Namun demikian, pecundang berusia 17 tahun ini mungkin sebenarnya lebih berbahaya daripada yang terlihat dari sikapnya. Potensi tersembunyi Kurou diuji saat dia diberi misi baru untuk menyusup ke sekolah menengah setempat, tetapi ada lebih banyak hal dalam tugas ini daripada yang bisa dia prediksi.
